Кенес Дуйсекеев — автор симфонии «Толғау» (1984), симфонической поэмы-картины «Жалаңтөс батыр» (1996), кантаты «О, дүние» (1997), цикла романсов «Времена года» (1991), мюзиклов «Мәди», «Аққу Жібек», оперетты «Алдар көсе», произведений для камерного оркестра, сонат, рапсодий, вариаций.
Среди его сочинений для камерного оркестра «Утро на джайляу», «Кочевье», capella «О, туган жер» и другие. Успешным можно назвать творческий тандем композитора и популярного в Казахстане поэта песенника Шомишбая Сариева. Вместе они создали песенный сборник «Салем саган, туган ел» («Привет тебе, родной народ»), песню «Еркеледін сен» («Баловница моя»). Роза Рымбаева исполнила на всесоюзном конкурсе «С песней по жизни», а «Балладу о домбре» — на международном конкурсе в Стамбуле. «Салем саган, туган ел» прочно вошла в репертуар многих популярных исполнителей современности. В частности , песни композитора исполняют певица народная артистка СССР Роза Рымбаева и Нагима Ескалиева. Кенес Дуйсекеев является автором музыки ко многим фильмам и театральным постановкам. Музыкальные произведения Кенеса Дуйсекеева исполняются на многих сценах и конкурсах. Вместе с Шомишбаем Сариевым они работали семь лет, стали близкими друзьями, создали песенный сборник «Салем саган, туган ел» («Привет тебе, родной народ»). Песню «Еркеледін сен» («Баловница моя») Роза Рымбаева исполнила на всесоюзном конкурсе «С песней по жизни», а «Балладу о домбре» — на международном в Стамбуле. Кенес Дуйсекеев стал наставником для ещё одного известного композитора и барда Насера Кульсариева и помог ему создать группу «Улан».